Diş eti cepleri küretaj yöntemi ile elimine edilemeyecek kadar derin, dişlerde destek doku (kemik ve diş eti) kaybı çok fazla ve dişlerde sallanmalar başladı ise derin dokularda enfeksiyon var demektir. Röntgen ve klinik inceleme sonucu bu teşhisi koyduktan sonra tedavi planı yapılır. Genellikle flep operasyonu 2 veya 4 seansta yapılır. Sağ alt ve üst çene ilk seansta , 10 gün sonra da sol tarafı yapıcak şekilde planlama yapılabilir. Bunun sebebi cerrahi işlem sonrasında bir kaç gün yemek yeme konforu bozulacağı için tek taraflı operasyon, kişinin uygulama yapılmayan tarafını rahat kullanmasını sağlar. İşlem öncelikle lokal anestezi altında diş etlerinin diş ve kemik dokusu üzerinden uzaklaştırılması ile tüm enfekte dokunun uzaklaştırılması, derin bölgede oluşan diş taşlarının temizlenmesi ve kök yüzeyin düzeltilmesi ile tamamlanır. Kemik kaybı çok olan durumlarda kemik grefti ve membran uygulaması yapılır. Sonrasında sütur (dikiş) atılarak işlem tamamlanır. Sonrasında kişinin ağız bakımı çok önemlidir. İyileşme ağız bakımına direk bağlıdır.